冒険の始まり
冒険は主人公が住むフタバタウンからスタート。
ほどなくして、テレビで放送されていた珍しいポケモンを探すため、
主人公は幼なじみのライバルとともにシンジこ(湖)へと出かけることにした。

シンジこへ到着したふたりは、好奇心をおさえきれずに、
湖のほとりの草むらに足を踏み入れてしまい、とつぜん野生のポケモンが出現する。
ポケモンを持っていない主人公と幼なじみは、近くに落ちていたトランクを見つける

トランクの中には、3つのモンスターボールが入っていた…。
とっさの判断でモンスターボールの中のポケモンを使い、野生のポケモン「ムックル」との戦いになる。

そうして勝つことができたら、「このトランクとポケモンはだれの持ちもの?」という話になる。

忘れ物のトランクは、ポケモン進化の権威であるナナカマド博士のものだったとわかり、
ポケモンを返すために、博士の研究所があるマサゴタウンへ急ぐ主人公と幼なじみ。
しかし、主人公になついたポケモンを見た博士は、そのポケモンをくれるという。
さらに、シンオウ地方のすべてのポケモンを見たり捕まえたりすることで、ポケモンずかんに記録する、
という依頼を受けることになる。


そうして、ここから冒険が始まる……………